Trepartsaftalerne udarbejdes typisk mellem producent/afskiberland, modtagerland og flagstat. Det fremgår dog alene af bekendtgørelsen, at trepartsaftaler udarbejdes for skibe, der sejler til eller fra dansk havn, og således ikke for danskflagede skibe, der sejler uden for Danmark. Bekendtgørelsens bestemmelse om trepartsaftaler præciseres derfor således, at den også omfatter danskflagede skibe, der sejler uden for Danmark.

Miljøstyrelsen indgår trepartsaftaler i henhold til bekendtgørelsen.